C’est par le Prix de la Santé que le Fonds Baillet Latour a entamé ses activités de soutien en 1979. Ce Prix international, au départ bisannuel puis attribué chaque année depuis 2000, fut la plus importante distinction scientifique internationale décernée en Belgique.
En 2006 ce Prix est devenu thématique, chaque thème revenant tous les 5 ans : maladies métaboliques, maladies infectieuses, maladies neurologiques, cancer et maladies cardio-vasculaires. Au même titre que le Grant for Medical Research, le Prix de la Santé a été remis pour la dernière fois en 2020 avant de d'être remplacé à partir de 2022 par le Baillet Latour Biomedical Award.